基本原理
當模板分子（印跡分子）與聚合物單體接觸時會形成多重作用點，通過聚合過程這種作用就會被記憶下來，當模板分子除去后，聚合物中就形成了與模板分子空間構型相匹配的具有多重作用點的空穴，這樣的空穴將對模板分子及其類似物具有選擇識別特性。
基本步驟
1.在一定溶劑（也稱致孔劑）中，模板分子與功能單體依靠官能團之間的共價或非共價作用形成主客體配合物；
2.加入交聯劑，通過引發劑、光或熱等引發單體聚合，使主客體配合物與交聯劑通過自由基共聚合在模板分子周圍形成高聯的剛性聚合物；
3.將聚合物中的印跡分子洗脫或解離出來。
這樣在聚合物中便留下了與模板分子大小和形狀相匹配的立體孔穴，同時孔穴中包含了精確排列的與模板分子官能團互補的由功能單體提供的功能基團，如果構建合適，這種分子印跡聚合物就象鎖一樣對此鑰匙具有選擇性。這便賦予該聚合物特異的“記憶”功能，即類似生物自然的識別系統，這樣的空穴將對模板分子及其類似物具有選擇識別特性。