副傷寒桿菌由口入胃，如未被胃酸殺死則進入小腸，經腸黏膜侵入集合淋巴結、孤立淋巴濾泡及腸系膜淋巴結中繁殖，再經門靜脈或胸導管進入血流，形成第一次菌血癥。如機體免疫力弱，則細菌隨血流擴散至骨髓、肝、脾及淋巴結等組織大量繁殖，至潛伏期末再次大量侵入血流，形成第二次菌血癥，開始出現發熱、皮疹及肝脾腫大等臨床表現。同時細菌可隨血液循環擴散至全身各器官及組織引起病變，如急性化膿性骨髓炎、腎膿腫、腦膜炎、急性膽囊炎、心包炎等。細菌可經膽道進入腸道隨糞便排出，或經腎臟隨尿液排出。
