藥物治療
1．氟喹諾酮類 抗菌譜廣，殺菌作用強，口服吸收完全，體內分布廣，膽汁濃度高，副作用少，不易產生耐藥，用作首選。氧氟沙星300mg，每日2～3次口服，或200mg，每8～12小時1次靜脈滴注；也可選用環丙沙星等。療程為2周。兒童及孕婦慎用或忌用。
2．頭孢菌素類 以第二、三代頭孢菌素效果較好，膽汁濃度高，復發者少，常用于耐藥菌株的治療。
3．氯霉素 氯霉素可用于非耐藥菌株副傷寒的治療。在療程中應每周查血象2次，白細胞<2.5×109/L應停藥，更換為其他抗菌藥物。伴有G-6PD缺陷的患者，用藥后可發生溶血。本藥對帶菌者無效。嬰幼兒、血液病、肝腎功能障礙者慎用。
4．氨芐西林 其適應證為：①對氯霉素等有耐藥的患者；②不能應用氯霉素的患者；③妊娠合并傷寒；④慢性帶菌者。療程不短于2周。本藥優點是膽汁濃度高。
5．其他 對耐藥菌株引起的副傷寒尚可選用阿米卡星及利福平等藥物，但應注意其對肝、腎的毒副作用。
手術治療
腸道大出血經積極治療仍出血不止者可考慮手術治療。并發化膿病灶者，如發現膿腫已形成，可行外科手術排膿。