1.體格檢查
慢性肛門直腸疼痛直腸指檢時可發現肛提肌過度收縮，觸診盆底時有觸痛。
2.實驗室檢查
（1）血常規：白細胞計數多正常。
（2）便常規：應注意檢查糞便性狀、紅細胞和白細胞、寄生蟲（卵）、脂肪滴等，以判斷有無消化道出血、細菌或寄生蟲感染及消化不良等疾病。
3.影像學檢查
通過肛門直腸鏡、乙狀結腸鏡檢查，判斷有無器質性病變，如發現缺血、炎癥、膿腫、肛裂等說明存在器質性病變。
