功能性肛門直腸疼痛是缺乏器質性疾病證據的肛門直腸疼痛，屬于功能性肛門直腸病，不常見。臨床上可以表現為經常性的模糊鈍痛，持續時間長，也可以表現為發作性的銳痛，僅持續數秒至數分鐘。多見于女性，30～60歲人群多發。
病因和病理生理機制尚不清楚，可能與以下幾方面有關。
1.盆底肌肉運動異常
肛提肌過度痙攣性收縮是主要原因，還可能與盆底功能障礙有關。
2.精神心理因素
患者多伴有多疑、焦慮、抑郁、癔癥等。
3.機械性因素
長期過度體力勞動、久坐等。
4.神經性因素
陰部神經受刺激可引起痙攣性肛門直腸疼痛，且疼痛可放射至陰部神經支配的區域。
5.遺傳性因素
有功能性肛門直腸疼痛家族史者有更大的幾率患本病。