本病病因不明，可能與下列因素有關。
1.藥物因素
包括食欲抑制劑芬氟拉明、芬特明；中樞興奮藥苯丙胺、甲基苯丙胺等。應用時間越長，發生肺動脈高壓的危險性越大。
2.病毒感染
已經發現人類免疫缺陷病毒（HIV）感染可引發動脈性肺動脈高壓，是通過抑制肺動脈高壓平滑肌細胞的鉀離子通道，使其功能缺陷而實現的。此類歸為HIV相關性肺動脈高壓。
3.遺傳因素
與基因突變密切相關，已確認的致病基因包括骨形成蛋白受體-2、激活素受體樣激酶。
