一旦一個穩定的、重復的發酵過程建立起來，則要考慮提取包涵體的步驟了。包涵體處在細胞質內或者細胞的外周質，必須破壞細胞膜才能把包涵體釋放出來。
溶液中的包涵體也要同破碎液中溶解的成分和不溶的其它成分如細胞碎片、細胞膜以及核糖體等成分分離開來。提取的第一步是冷卻發酵液，利用離心或者錯流過濾的方法收集細胞，細胞的沉淀利用設定的含有一定濃度的離子強度（0.4-0.6mo1）的緩沖液懸浮。這種緩沖液必須控制pH、離子強度、重金屬的濃度和氧化還原的環境，在以后的操作步驟中也要考慮這些因素。
由于包涵體比細胞可以耐受更大的剪切力，所以可以使用的破碎細胞的方法有很多。對于大腸桿菌，最經常使用的方法是高壓勻漿的方法，可以使細胞完全破碎，并且這種方法可以以不同的規模使用，2到5個循環可以使細胞完全破碎。酵母細胞由于含有更加有彈力的細胞壁，所以需要的循環可能更多，或者在容器中加入一些玻璃顆粒。破碎細胞還可以使用物理的方法如超聲，或者化學的方法如化學試劑和酶，如溶菌酶和EDTA（乙二胺四乙酸）來破碎細胞。