包涵體病（IBD）會出現變化或漸進性的癥狀，因此很難與其他疾病區別。大部分的病例也很難知道是何時接觸到病原。
急性期的臨床癥狀包括輕微的神經癥狀（例如：頭部震顫、凝視呆然和肌肉無力癱瘓等）或活動力降低。
疾病感染的后期，通常會有二次性的細菌感染，因而造成呼吸道方面的疾病、口炎及皮膚炎，此外IBD感染的病例也有伴隨皮下腫瘤及白血病的報告。
在疾病末期，感染的蚺蛇普遍出現厭食、脫水及嚴重的神經癥狀，供濟失調，無法保持正常的軀體姿勢。
在蟒科，最常出現急性的神經癥狀，包括失去正向反射及失去平衡。蟒科感染的病程一般來說比蚺科快。如果有感染發生時，臨床癥狀可能在幾周內出現，IBD感染沒有復原良好的報告病例，感染的蛇類通常會死亡。