1、臨床診斷依據：
a)口唇或生殖道皰疹史，或本次發病有皮膚、黏膜皰疹。
b)起病急，病情重，有發熱、咳嗽等上呼吸道感染的前驅癥狀。
c)明顯精神行為異常、抽搐、意識障礙及早期出現的局灶性神經系統損害體征。
2、化驗及輔助檢查依據：
a)血常規檢查：可見白細胞輕度增高。
b)EEG：常出現彌漫性高波幅慢波，以單側或雙側顳、額區異常更明顯，甚至可出現顳區的尖波與棘波。
c)頭顱CT檢查：大約有50%的HSE患者出現局灶性異常（一側或兩側顳葉和額葉低密度灶），若在低密度灶中有點狀高密度灶，提示有出血。在HSE癥狀出現后的最初4~5天內，頭顱CT檢查可能是正常的，此時頭顱MRI對早期診斷和顯示病變區域幫助較大，典型表現為在顳葉內側、額葉眶面、島葉皮質和扣帶回出現局灶性水腫，MRI T2相上為高信號，在FLAIR相上更為明顯。盡管90%的患者在1周內可以出現上述表現，但一周內MRI正常不能排除診斷。
d)CSF常規檢查：壓力正常或輕度增高，重癥者可明顯增高；有核細胞數增多 [(50~100)×10∧6/L]，可高達1000×10∧6/L，以淋巴細胞為主，可有紅細胞數增多，除外腰椎穿刺損傷則提示出血性壞死性腦炎；蛋白質呈輕、中度增高，糖與氯化物正常。
e)CSF病原學檢查：包括：① 檢測HSV特異性IgM、IgG抗體：采用Western印跡法、間接免疫熒光測定及ELISA法，采用雙份血清和雙份腦脊液做HSV-1抗體的動態觀察，雙份腦脊液抗體有增高的趨勢，滴度在1∶80以上，病程中2次及2次以上抗體滴度呈4倍以上增加，血與腦脊液的抗體比值<40，均可確診；② 檢測CSF中HSV-DNA：用PCR檢測病毒DNA，可早期快速診斷，標本最好在發病后2周內送檢。
f)腦活檢：腦活檢是診斷單純皰疹病毒性腦炎的金標準。可發現非特異性的炎性改變，細胞核內出現嗜酸性包涵體，電鏡下可發現細胞內病毒顆粒。
3、確診依據：
a)雙份血清和腦脊液檢查發現HSV特異性抗體有顯著變化趨勢。
b)腦組織活檢或病理發現組織細胞核內包涵體，或原位雜交發現HSV病毒核酸。
c)CSF的PCR檢測發現該病毒DNA。
d)腦組織或CSF標本HSV分離、培養和鑒定。