常見的不良反應包括惡心、嘔吐、口腔潰瘍、腹痛、腹瀉、食欲下降、皮膚改變，也有報道稱部分患者使用出現短暫性骨髓抑制、毛發脫落、淚液增多、頭痛、頭暈。
卡培他濱是一種骨髓抑制劑，故有必要每次用藥前作血液檢查，以監測血細胞和血小板計數。
本品具有肝臟毒副作用，故須定期檢查肝功能。此外，也應監測心臟功能，以避免不可逆毒性反應。若需靜脈輸液給藥，則應在用藥前分析上述器官的功能是否適合。
卡培他濱可能對胎兒造成損害，故不能用于妊娠婦女；使用該藥的婦女也不宜妊娠。即使治療結束，該藥對生育也可能有影響.
