肺孢子菌（PCP）為單細胞生物，長期以來被劃歸為原蟲，稱為卡氏肺孢子（囊）蟲。1988年通過對其核糖體小亞基rRNA的序列分析證實其屬于真菌，更名為肺孢子菌，感染人類的被命名為伊氏肺孢子菌。肺孢子菌主要有包囊和滋養體兩種形態。滋養體為可變多形體，有細足和偽足形成，類似阿米巴。包囊呈圓形，直徑4～6微米，囊壁內含有囊內小體（或稱子孢子），完全成熟的包囊內一般為8個，包囊是重要的診斷形態。肺孢子菌寄生部位限于肺泡腔，成熟包囊進入肺泡后破裂，囊內小體脫囊后發育為滋養體，滋養體緊貼肺泡上皮寄生，增殖，包囊多位于肺泡中央。