鹵素是強毒性基，鹵代烴一般比母體烴類的毒性大。鹵代烴經皮膚吸收后，侵犯神經中樞或作用于內臟器官,引起中毒。一般來說，碘代烴毒性最大,溴代烴、氯代烴、氟代烴毒性依次降低。低級鹵代烴比高級鹵代烴毒性強；飽和鹵代烴比不飽和鹵代烴毒性強；多鹵代烴比含鹵素少的鹵代烴毒性強。使用鹵代烴的工作場所應保持良好的通風。
