卵巢巧克力囊腫在臨床上多表現有小腹疼痛,小腹不適,白帶增多,白帶色黃,白帶異味,月經失常,而且通常小腹內有一個堅實而無痛的腫快,有時性交會發生疼痛。當囊腫影響到激素生產時,可能出現諸如陰道不規則出血或毛體增多等癥狀。較大的囊腫會對膀胱附近造成壓迫,引起尿頻和排尿困難。