厭氧性細菌廣泛分布于自然界和人及動物的體內。無芽胞厭氧菌主要存在于人體及動物體內，特別是腸道、口腔、上呼吸道和泌尿道等處，與需氧菌和兼性厭氧菌共同構成機體的正常菌群。在正常菌群中厭氧菌通常占有絕對的優勢。正常情況下，菌群保護相對平衡，如長期應用廣譜抗生素、激素、免疫抑制劑等，發生菌群失調，或機體抵抗力減退，則可導致內源性厭氧菌感染。
