雖然普遍認為原發性嬰幼兒型青光眼眼壓升高的機制是由于先天性因素導致房角發育異常，從而導致房水外流受阻所致。但迄今為止關于房角分裂發育、分化異常、小梁發育異常以及如何產生此種異常等病理和發病機制的精確過程至今未明，還存在許多有爭論的問題。事實上，房角的形成、房角網狀組織的分化和Schlemm管的出現經歷了十分復雜的胚胎發育過程，其中任何一個環節出了問題都可能發生房水外流不暢。
