潰瘍多為單發，亦可多發。有報告稱病變位于回腸者是空腸的兩倍，遠端回腸多于近端回腸。但是也有作者報告稱位于空腸者多見。潰瘍多為小橢圓形、圓形或環形，邊緣較整齊，呈鑿緣狀，界限清楚。基底覆蓋以炎性肉芽組織，周圍有輕度水腫。病變主要侵犯黏膜和黏膜下層。表現有黏膜壞死、潰瘍、炎性細胞浸潤及結締組織增生；潰瘍周圍黏膜化生為幽門腺型，小血管內有機化的血栓，除穿孔外一般不侵犯肌層。多發性潰瘍者，潰瘍之間黏膜正常。潰瘍直徑在0.5～4.0cm，多數為1.0～2.0cm。潰瘍多位于腸系膜緣對側的黏膜，偶見潰瘍環腸管發生。少數患者，可見環繞腸腔的纖維肌性隔膜形成，這也是產生腸梗阻的病理基礎。急性潰瘍缺少炎癥反應，易發生穿孔。