包括原發性補體缺陷和吞噬細胞缺陷性疾病,在原發性免疫缺陷病中約占10%。C3缺陷的感染型通常與抗體缺陷病癥相似;補體的前端成分(C2)缺陷大多有系統性紅斑狼瘡或膜性增殖性腎炎等表現;補體后端成分(C5、C6和C7)缺陷者對腦膜炎雙球菌和淋球菌易感。原發性吞噬細胞缺陷以易患反復遷延的化膿性疾病為特征。