除了小腸疾病的診斷，雙氣囊電子小腸鏡也用于內鏡下治療，目前已有專門的治療用雙氣囊小腸鏡專用的治療器械問世。
1. 止血治療：血管畸形是引起小腸出血的主要病因，雙氣小腸鏡可通過鈦夾、電凝等方法治療小腸血管畸形，與藥物和手術治療相比，具有明顯優勢。
2．息肉切除：雙氣囊小腸鏡可用于小腸多發息肉患者的定期復查和息肉切除，預防腸套疊、腸出血和腫瘤等并發癥發生，避免多次開腹手術。
3. 腸腔狹窄治療：雙氣囊小腸鏡可以對克羅恩病導致的腸腔狹窄或其他病因所致腸道狹窄進行球囊擴張治療。
