1、螺旋轉角螺旋（Helix-turn-helix）：有2個螺旋，螺旋2是識別和DNA結合，一般結合于大溝；螺旋1和其它蛋白質結合。兩個螺旋由一個轉角鏈接。
2、鋅指結構：鋅指（zincfimger）這個名稱來源于它的結構，它由一小組保守的氨基酸和鋅離子結合，在蛋白質中形成了相對獨立的功能域，像一根根手指伸向DNA的大溝。兩種類型的DNA結合蛋白具有這種結構，一類是鋅指蛋白，另一類是甾類受體。
3、亮氨酸拉鏈（Leucineziipper）兩個蛋白之間相互作用共同建立一個轉錄復合體，在一系列轉錄因子中發現的一種模體涉及兩個相同和不同的部分構成。亮氨酸拉鏈是一種富含亮氨酸的蛋白鏈形成的二聚體模體。它本身形成二聚體同時還可以識到特殊的DNA序列。一個親水的α-螺旋在其表面的一側有疏水基因（包括亮氨酸），另一側表面帶有電荷。
4、螺旋一環一螺旋（HLH）
5、同源異形結構域（Homeodomains，HD）：同源異形盒（hoomeobox）是一種編碼60aa的序列，長180bp，幾乎存在于所有真核生物中。