診斷應結合病史、食管pH值監測及治療反應綜合考慮。
診斷標準：
1.慢性咳嗽，以白天咳嗽為主；
2.食管24小時pH監測Demeester積分>14.70；3.排除咳嗽變異性哮喘（CVA）、嗜酸粒細胞性支氣管炎（EB）鼻后滴漏綜合征（PNDS）4.抗反流治療后咳嗽明顯減輕或消失。
抗反流治療有效是診斷反流性咳嗽的最重要的標準，但抗反流治療無效并無完全排除反流性咳嗽的存在，因為可能抗反流治療力度不夠，或者內科藥物治療無效，或者非酸反流等。對于高度重視反流性咳嗽的患者，可行診斷性治療。診斷學治療應持續1--3個月的時間、有些患者甚至需要2--3個月咳嗽方能緩解。