本病存活期為6個月～15年，平均4～6年，1年生存率為92%，5年生存率為62%，平均9年。在糖皮質激素應用之前，變應性肉芽腫性血管炎的病人常死于充血性心力衰竭和心肌梗死，約半數病人只存活3個月。多器官受累，尤其是心血管系統、少見的中樞神經系統和腎臟的受累是該病預后差的危險因素。大劑量糖皮質激素的應用使本病的預后明顯改善。
