1.原發腫瘤的處理 絕大多數軟組織肉瘤的基本治療方法為局部根治性廣泛性切除，即以手術治療為主。對于局部復發率較高的肉瘤，術后可輔以放射治療及化學治療，如橫紋肌肉瘤、血管肉瘤、神經源性肉瘤、滑膜肉瘤、腺泡狀軟組織肉瘤等。這里還要特別強調綜合治療的作用，如橫紋肌肉瘤，以前單采用手術療法，其療效很差，約90%的病例死于腫瘤；近年來采用手術結合放療及化療(長春新堿、放線菌素D、環磷酰胺等)后，療效顯著提高，平均5年生存率已達60%左右。
對于KS的治療則應視類型及病損部位不同而選用不同的治療方法。原則上仍然是綜合治療。例如對經典型Kaposi肉瘤的皮膚病損一般采用放療，特別是電子束放療；但對黏膜病損應用放療則必須小心，因可引起嚴重的黏膜炎癥。對孤立的病灶也可用手術切除的方法。全身化療則仍以長春新堿為主，對孤立病損還可采用病灶內注射化學藥物的方法，在個別病例也可得到控制。
對AIDS相關型及醫源性免疫抑制型KS，由于其全身免疫能力甚差，多不主張再給以全身性強力化療，以免更遭致病灶擴散。有人報道病灶內直接注射硬化劑(sodium tetradecyl sulfate)對直徑小于2.5cm的病灶也有良效。
由于手術廣泛性切除導致的組織大型缺損原則上應于手術同期行立即整復。
2.轉移病灶的處理 除個別情況外，肉瘤的淋巴結轉移率較低，而血循轉移的幾率較高。對軟組織肉瘤病例一般選用治療性頸淋巴清掃術，而不用選擇性頸淋巴清掃術。
對遠處轉移病例應視不同情況給以處理：對原發病灶已經控制的單個或可切除的轉移灶仍可采用手術治療；對原發灶未控制，或多個轉移灶及不能手術切除的病灶，則只能采用姑息治療，包括全身化療，以及生物療法等以期延長病員的壽命。