男生殖系統結核的病理和一般結核病相似，結核結節、干酪壞死、空洞、纖維化等，但極少有鈣化。前列腺結核膿腫向尿道破潰，整個后尿道呈空洞狀，邊緣不規則。 前列腺精囊纖維化以后成為堅硬腫塊，其分泌功能極度減少，嚴重時精液僅1—2滴膿性液體。 輸精管結核浸潤時粗硬，
可呈串珠狀，管腔堵塞。附睪結核常起始于尾部，一方面經輸精管蔓延病灶先至尾部停留，另一方面尾部血運豐富，也容易血行感染。睪丸結核大多數由附睪結核擴展所致，常與附睪病變相鄰，有時也可呈粟粒樣結節。附睪結核常侵犯鞘膜和陰囊壁，膿腫破潰成經久不愈的竇道。