（一）高熱驚厥
此癥多見嬰幼兒，既往多有高熱驚厥且反復發作史，常可尋找出引起高熱驚厥的病因及誘發因素。一經退熱處理后驚厥即隨之消退。
（二）中毒性肺炎
此種肺炎病前多有受涼史，多伴感染性休克肺炎癥狀與體征，出現較早，胸部X光片提示肺部感染證據。無典型腸道感染的臨床表現。糞便（包括肛試）檢查無特殊發現。
（三）流行性乙型腦炎（簡稱乙腦）
夏秋季節發生的中毒性菌痢需同乙腦相鑒別。乙腦的中樞神經系統癥狀出現有個過程，其極重型亦需2～3天，較中毒生菌痢為晚。糞便（包括肛試與灌腸）鏡檢無異常；細菌培養陰性。腦脊液檢查呈病毒性腦膜炎改變；乙腦病毒特異性抗體IgM陽性有診斷價值。
（四）腦型瘧疾
需與腦型毒痢相鑒別。來自疫區，結合發病季節，以間歇性突發性發冷、發熱、出汗后退熱的臨床特征，血片或骨髓片中找到瘧原蟲可確診。
（五）脫水性休克
主要因頻繁吐瀉史所致低血容量性休克。先有脫水，后發生休克。脫水一旦被糾正休克即隨之糾正。
（六）重度中暑
有高溫接觸史。肛溫超高熱，皮膚灼熱無汗，可伴抽搐、昏迷等神經系統癥狀，但無定位體征。將患者移至陰涼通風處，病情可迅速緩解。外周血象、糞便與腦脊液檢查無異常。