我們可以看到，同源重組一般都在染色體內仍按DNA序列的原來排列次序。但是在所謂位點特異性重組（site-specific recombination）中，DNA節段的相對位置發生了移動，從而得到不同的結果─DNA序列發生重排。位點特異性重組不依賴于DNA順序的同源性（雖然亦可有很短的同源序列），而依賴于能與某些酶相結合的DNA序列的存在。這些特異的酶能催化DNA鏈的斷裂和重新連接，它們能發動位點特異性重組作用.而在同源重組中，DNA鏈的切斷完全是隨機的，結果暴露出一些能與RecA這樣的蛋白質相結合的順序，從而發動交叉重組。λ噬菌體DNA能通過重組作用整合進E.coli染色體的特異位點，成為前病毒（provirus，或稱前噬菌體，prophage）。