用作熒光指示劑，腫瘤細胞及細菌、核酸染色劑及移碼突變的誘變劑。
吖啶橙是一種熒光色素，吖啶橙激發濾光片波長488nm。阻斷濾光片波長515nm。吖啶橙與細胞中DNA和RNA結合量存在差別，可發出不同顏色的熒光（即著色特異性），這是由于DNA是個高度聚合物，吸收熒光物質的位置較少，發綠色熒光，而RNA聚合度低，能和熒光物質結合的位置多，故發紅色熒光。
