主要用作熒光指示劑，與細胞中DNA和RNA結合量存在差別，可發出不同顏色的熒光，與DNA結合量少發綠色熒光，與RNA結合量多發桔黃色或桔紅色熒光，該染料具有膜通透性，能透過細胞膜，使核DNA和RNA染色。因此，在熒光顯微鏡下觀察，吖啶橙可透過正常細胞膜，使細胞核呈綠色或黃綠色均勻熒光；而在凋亡細胞中，因染色質固縮或斷裂為大小不等的片斷，形成凋亡小體。吖啶橙使其染上致密濃染的黃綠色熒光，或黃綠色碎片顆粒；而壞死細胞黃熒光減弱甚至消失。吖啶橙AO常與溴化乙啶EB合用雙染，因EB只染死細胞使之產生桔黃色熒光，由此可區分出正常細胞、凋亡細胞及壞死細胞，它還可以用作移碼突變的誘變劑，能鑲嵌于兩個相鄰的堿基對之間，這樣在DNA復制過程中，會使DNA鏈增加或缺失一個堿基，造成移碼突變。