咽部神經支配極為豐富，感覺和運動神經主要來自咽后壁的咽叢，含有迷走、舌咽、副神經和頸交感神經的分支，此外尚有三叉神經第二支、舌咽神經等，直接分布于咽部，故咽部感覺極為靈敏。全身許多器官的疾病，也可通過神經的反向和傳導作用，使咽部發生異常感覺。故咽異感癥產生的機制較為復雜，致病因素繁多，可分為局部、全身和精神體質三個方面：
1.局部因素
無論原發性或者繼發性，凡病變累及咽腔或者咽壁的任何一層組織，使咽部神經受到刺激，就會引起咽異感癥。
（1）咽部疾病 如各型咽炎、慢性扁桃體炎，扁桃體的結石、息肉、角化、囊腫、瘢痕及膿腫，舌扁桃體炎，懸雍垂過長，鼻咽、口咽及喉咽的異物、瘢痕、腫瘤，舌根部靜脈曲張、囊腫、腫瘤、莖突綜合征，咽部憩室等。與職業有關的咽炎如粉塵性、化學性咽炎，也是咽異感癥的病因。
（2）鄰近器官的疾病 鼻部及鼻咽部疾病如鼻竇炎、鼻咽炎。喉部疾病如喉上神經炎、風濕性環杓關節炎、會厭囊腫、會厭形態異常、喉軟骨膜炎、血管神經性喉水腫、環咽肌及咽下縮肌痙攣等。食管疾病如食管痙攣、憩室、失弛緩癥、早期惡性腫瘤、外傷性食管炎、反流性食管炎、賁門痙攣、橫膈裂孔疝等。頸部疾病如頸部腫塊、瘺管、淋巴結炎、甲舌囊腫、甲狀腺炎癥、腫瘤及其他如牙病、耳病、頸癥候群、舌咽神經痛、頸動脈炎等，均可引起本病。
2.全身因素
迷走神經在胸腔和腹腔諸器官中有著廣泛的分布，這些臟器的病變都可能引起咽部異常感覺。
（1）遠離器官的病癥 如胃及十二指腸炎或潰瘍、胃癌、幽門痙攣、膽石癥、左心擴大、高血壓性心臟病、心包炎伴積液、主動脈瘤、屈光不正等。
（2）全身疾病 以代謝、內分泌疾病多見，如維生素缺乏癥，缺鐵性貧血，甲狀腺疾病如甲狀腺機能亢進或減退，絕經期綜合征，重癥肌無力，頸椎骨關節炎，關節僵直及腸寄生蟲等病。
3.精神因素
精神和情緒的變化，對于咽異感的發生和發展有著明顯的影響，如神經衰弱、神經官能癥、精神分裂癥、恐癌癥、癔病及焦慮、抑制狀態等。這可能和間腦，尤其是丘腦下部的機能有關。