對于嗜熱脂肪地芽孢桿菌的鑒定，傳統分類中根據形態特征、生理生化特性、生態特性等指標進行鑒定的方法耗時耗力，因此基于分子生物學的鑒定方法不斷發展。2005 年， Daniel R． Zeigler報道了利用 recN 基因序列相似性分析鑒定地芽孢桿菌屬菌種的研究。研究表明，對于屬、種及亞種水平的分類，recN 基因序列分析的鑒定分辨率接近甚至比 16S rDNA 序列分析更高，但突變飽和度限制了 recN 基因序列對更高層次分類的應用，然而 recN 基因序列分析對地芽孢桿菌屬菌株種的鑒定具有重要作用。2007 年，Nomeda Kuisiene等報道了利用 AluI 限制性內切 16S rDNA 擴增片段來鑒定嗜熱脂肪地芽孢桿菌的方法。使用限制酶 AluI 將 16S rDNA 酶切，嗜熱脂肪地芽孢桿菌的 16S rDNA 酶切電泳圖將呈現出特殊條帶: 162bp 條帶的出現和 76bp 與 86bp 條帶的缺失。同年，Nomeda Kuisiene等又報道，以 16S － 23S rDNA 內轉錄間隔區序列為靶基因設計特異性引物GEOBAC，以其 PCR 產物來鑒定地芽孢桿菌屬菌種。這些快速而準確的鑒定方法為嗜熱脂肪地芽孢桿菌及地芽孢桿菌屬其它菌種的研究與應用奠定了基礎。