將地衣體橫切,可看到其內部構造：
內部一般可分為上皮層、藻胞層、髓層和下皮層。上皮層和下皮層均由致密交織的菌絲構成。根據藻類細胞在地衣體內部的分布情況,通常在結構上,將地衣分為2種類型：
1、 異層地衣：藻類細胞聚集在上皮層之下,形成1層明顯的藻胞層。髓層介于藻胞層和下皮層之間,由一些疏松的菌絲構成。髓層中沒有或只有很少的藻細胞。這樣的構造稱為“異層地衣。梅衣屬（Parmelia）和蜈蚣衣屬（Physcia）。
2、 同層地衣：在橫切面上,上皮層之下沒有明顯的單獨的藻胞層結構,藻細胞在髓層菌絲中均勻地分布。這樣的構造稱為“同層地衣”。如貓耳衣屬（Leptogium）。
葉狀地衣一般為異層地衣。殼狀地衣多為同層地衣,殼狀地衣無下皮層,髓層與基質直接相連。枝狀地衣為異層地衣。而內部構造呈輻射式,外皮層致密,很薄的藻胞層包圍中軸型的髓層,或髓層為中空的。
一些地衣體有多種色彩,主要是由構成上皮層的菌絲細胞中含有大量橙色、黃色或其他色素而形成的。