許多蛋白質定位于細胞質以外的其它細胞器,多種信號序列（信號肽）負責將蛋白質引導至它們應該在的細胞器。原核生物中,由于細胞的有限區室化,這通常是一個簡單的過程。真核生物卻存在多種不同的靶向過程以確保蛋白質到達正確的細胞器。
并非所有蛋白質都保留在細胞內,許多蛋白質如消化酶、激素和細胞外基質蛋白通常需要被輸出胞外。真核生物蛋白質輸出機制比較明確,先轉運到內質網,然后通過高爾基體運輸出去"。
