復合轉座子要比IS長得多，中心區域編碼抗性標記。不同的復合轉座子的抗性標記不同。復合轉座子兩端的組件由IS和類IS組成。有的二側組件相同（如Tn903），有的不同（如Tn10）。有的方向相同（如Tn9），有的方向相反（如Tn903，10，5）。有的皆有功能（如Tn903，10），有的僅右側組件有功能。
據推測當兩個獨立的組件與中心區域連接時發展成復合轉座子。這個結構可能由IS因子轉座到緊靠供體位點的受體位點上。這兩個組件可能相同或存在差異。單個組件轉座整個復合轉座子的能力解釋了兩個組件保持活性不受選擇壓力的影響。
在復合轉座中是什么替代單個組件而擔負起座的作用呢？特別是在兩個組件都有功能的情況下。在Tn9例子中，它的組件是IS1因子，推測它們都有功能。為什么轉座是整個復合轉座，而不是IS的本身呢？
兩個IS因子能使夾在其中的任何序列轉座。如一個環狀復制子上的Tn10它的兩個組件IS10L和IS10R，也可以看成是復制子序列兩端的組件，因此在進一步轉座時它不僅可以使Tn10轉座，也可心使復制子序列轉座，但兩側面組件的序列與在Tn10中不同。