在反式剪接中,不同mRNA的外顯子可以被接合在一起。外顯子在剪接（Splicing）后仍會被保存下來,并可在蛋白質生物合成過程中被表達為蛋白質。外顯子是最后出現在成熟RNA中的基因序列,又稱表達序列。既存在于最初的轉錄產物中,也存在于成熟的RNA分子中的核苷酸序列。術語外顯子也指編碼相應RNA外顯子的DNA中的區域。簡言之,外顯子就是指真核細胞的基因在表達過程中能編碼蛋白質的核苷酸序列。關鍵概念：比較不同物種的相關基因,發現相應的外顯子序列通常是保守的,而內含子序列則很少保守。編碼蛋白質的序列通常處于選擇壓力之下,內含子由于沒有選擇壓力,因此比外顯子的進化快得多。通過確定在多種生物中出現的片段來鑒定編碼區域,而外顯子的保守性可以作為這種鑒定的基礎。
人類大部分基因組序列都是被垃圾DNA序列分隔成一段段,給定一個已知的目標蛋白質和基因組序列,在該基因組序列中找出一組子字符串（候選外顯子）,使得其拼接（剪接）與目標蛋白質最匹配（即去掉垃圾DNA序列）。一個強力方法是尋找基因組序列與目標蛋白質序列間的所有局部相似性。若第一個取自基因組序列的子字符串展示了充分相似性于目標蛋白質,那么這個子字符串可被認為是一個推定的外顯子。將推定外顯子結構化為基因組序列中的賦權區間,它可用三個參數（l、r、w）來描述,l、r分別是推定的外顯子的左邊、右邊的位置,w為其權重。權重w可反該區間是一個外顯子的可能性。鏈是不重疊賦權區間的任一集合,一個鏈的總權重是該鏈中所有區間的權重之和。給定一個推定的外顯子集,尋找非重疊的推定的外顯子的一個最大集。輸入：賦權區間（推定的外顯子）集。輸出：該集合中區間的最大。