1、多發性肝內膽管結石—膽道感染：肝內膽管結石的形成主要因素就是膽道梗阻和感染，感染的原因與結石的梗阻和膽道的炎性狹狹窄有關。包括重癥肝膽管炎、膽源性肝膿腫會和伴隨的感染性并發癥；
2、多發性肝內膽管結石—繼發感染：可以導致繼發感染、膽源性胰腺炎或阻塞膽管導致膽汁淤積等后果。同時肝內膽管結石要是長時間的不到有效地治療，就會產生長時間膽道感染和膽汁停留有關的遲發性肝膽管癌，嚴重的甚至會導致死亡；
3、多發性肝內膽管結石—肝功能失常：由于肝膽管系統與肝臟實質細胞有著直接關系，慢性并發癥還會導致肝功能失常，急性重癥肝膽管炎常伴有很嚴重的肝細胞損害，甚至導致大片的肝細胞壞死，成為良性膽道疾病死亡的主要原因；
4、多發性肝內膽管結石—其他并發癥：慢性期肝內膽管結石的并發癥還表現為全身營養不良、貧血、低蛋白血癥，還會導致膽管炎和膽源性肝膿腫，多發性肝膽管狹窄，肝葉纖維化萎縮，膽汁性肝硬化、門脈高壓癥等。