許多相對常見的先天性異常和家族性疾病并不遵循單基因遺傳規律（孟德爾遺傳）.它們更接近于多基因遺傳，受累者和非受累者之間有一閾值分開.受累者易患病癥，代表著遺傳和環境影響的總和.因此，在分享受累者50%基因的一級親屬中（同胞和子女）出現病癥的風險是較高的.這種風險在較遠的親屬中，由于他們只獲得幾個高易患性基因，則要小得多.
例如神經管缺陷（NTD，包括無腦，脊柱裂，腦膨出，脊髓脊膜膨出）通常有多基因造成，雖然也有許多已知的單基因，染色體和環境原因.在北美人群中，NTD的綜合發病率約為每1000個活胎中1.5例.受累兒童的未受累父母攜帶著許多高易患性基因，并有1/30（3%）的機會再生一個受累的子女.同樣，父母一方有多基因NTD者會有3%~4%的機會生下一個受累的小孩.罕見情況下，一對夫婦已有兩個受累的孩子時，產生第3個受累兒的風險增加到7%~8%.