往年鑒于抗結核藥物對蟄伏的結核桿菌只有抑制作用，治療應該持續到宿主機體免疫力足以控制殘留感染為止，又把利福平（R）、乙胺丁醇（E）等較強作用的抗結核藥物排斥在標準療程之外，列入二線藥物，只在標準療程效果不佳或已產生耐藥性時才考慮應用。為達到上述要求，一般須堅持治療（8個月），這樣長時間的治療用藥，故稱長程療法，病人往往不易堅持，導致治療失敗。
近10余年來通過動物實驗及大量治療肺結核的臨床經驗，治療包含I、R、E或Z，短至9個月，甚至6個月，所得效果可與長程療法相媲美，治愈率高，復發少，為目前普遍采用。短程療法的唯一缺點是肝臟毒性較大，萬一治療失敗，R不能作為后備藥物而加以利用。
此外，為保證女性生殖器結核病人能按時服藥，提倡晨間空腹一次給藥，女性生殖器結核病人容易接受，并使血內集中有較高的藥物濃度。藥物濃度高峰的殺菌作用要比經常低血濃度的效果更好；在療程的鞏固階段改用間歇給藥，效果與連續給藥類同。
抗結核藥物治療方案目前常用符號代表，如2IRSZ/4I3R3E3，表示前2個月為強化階段，聯合應用異菸肼（I）、利福平（R）、鏈霉素（S）及吡嗪酰胺（Z）；后4個月為鞏固階段，異菸肼、利福平及乙胺丁醇（E）、每周3次給藥。