子宮縱膈是先天發育中，雙副中腎管融合中受阻所致。子宮縱膈和雙角子宮的發生率為5%，子宮縱膈使子宮腔的對稱形態發生改變，干擾正常生育功能。縱膈子宮即使懷孕，其胎兒在子宮內發育遲緩和胎兒子宮內死亡的發生率也較高。
胚胎正常發育時，于妊娠19～20周，兩側苗勒管融合形成的子宮內中膈將被完全吸收而消失。如果吸收過程受到內外因素影響而發生障礙，則可造成不同程度的子宮縱膈。近年認為細胞凋亡是胚胎期子宮中膈吸收機制之一。通過單克隆抗體和免疫組化分析發現：縱膈子宮上未發現調控凋亡的蛋白(Bcl一2)。因此，Bcl一2的缺失導致胚胎期子宮中膈的吸收障礙。