獲得低聚糖的途徑主要有五個：
1. 從天然原料提取；
2. 利用轉移酶、水解酶催化的糖基轉移反應合成；
3. 天然多糖的酶水解反應；
4. 天然多糖的酸水解；
5. 化學合成；
從食品工業的角度看，低聚糖作為一種大量使用的功能性基料，必須考慮到生產成本，因此，較好的方法是利用生物技術，即酶法水解或酶法轉移來生產各種低聚糖。科學家已基本達成共識，使用酶可能是大量合成低聚糖的唯一有效途徑。
