早期病例應與某些發熱待查疾病相鑒別，首先應該提高對本病的認識。中期應與淋巴性甲狀腺炎、甲狀腺囊腫出血鑒別。晚期病例應與甲狀腺癌和纖維性甲狀腺炎鑒別，需靠組織活檢明確診斷。
此外，需與CLT、Graves病和AST鑒別。根據甲狀腺有無疼痛、甲狀腺功能狀態、自身抗體的RAIU檢測進行區別。但在病程后期，鑒別較困難。甲狀腺自身抗體明顯升高者，需考慮CLT可能；有時需待甲狀腺腫與甲狀腺功能異常消失方能做出SAT診斷。若患兒呈非疼痛輕度甲狀腺腫大、無乏力等全身不適，實驗室檢查發現血清甲狀腺激素與RAIU分離，紅細胞沉降率正常或呈輕度升高，應考慮無痛性SAT。該型SAT血清TGA常可陽性，又可伴甲狀腺功能亢進表現，故也應與CLT和Graves病鑒別。