幾乎所有CYP21突變都是CYP21和CYP21P之間重組的結果(不等交換或轉換)。約20%突變等位基因攜帶缺失突變。約75%的突變等位基因是基因轉換的結果。32%的失鹽型病人一條等位基因上有大片段缺失或轉換突變，56%在一條等位基因上有內含子2的點突變引起RNA切接異常。在體外實驗中證實這些突變使21-羥化酶活性完全或幾乎完全喪失。在單純男性化型，最常見的突變等位基因(35%)為第172號氨基酸密碼子存在替代突變(Ile變為Asn)，只保有正常21-羥化酶2%～11%的活性。非經典型中最常見(39%)的突變是第281號氨基酸的突變(Val變為Leu)。
在基因型和表型之間存在著高度的相關性，因此，DNA分析在一定程度上可以預測酶活性，繼而推測臨床表現。