本病與免疫異常可能有一定關系。在小兒克羅恩病的發病中，感染可能起一定作用。本病發病有明顯的種族差異和家族聚集性。就發病率而言，白種人高于黑人，單卵雙生高于雙卵雙生；小兒克羅恩病患者有陽性家族史者占10%～15%；本病存在某些基因缺陷。提示本病存在遺傳傾向。
