本病嬰幼兒死亡率10%。肺炎球菌腦膜炎、患兒年齡4天者死亡率較高。10%~20%的幸存者遺留各種神經系統嚴重后遺癥,常見的神經系統后遺癥包括聽力喪失、智力倒退、癲癇、語言能力延遲、視力障礙、行為異常等。