原發性纖毛運動障礙可引起反復鼻竇炎、支氣管炎、肺炎、中耳炎、宮外孕、不孕不育癥及腦積水等。反復上下呼吸道感染，包括復發性中耳炎、鼻竇炎和支氣管炎、肺炎以致支氣管擴張癥狀。常見耳道流膿、鼻膿性分泌物、咳嗽、咳痰咯血，嚴重時喘憋。發紺和杵狀指。右位心兒童如伴頻發上感和肺炎，應考慮到有合并支氣管擴張和鼻竇炎的存在，即Kartagener綜合征的可能。如只具備內臟反位及支氣管擴張兩項，則為不全性Kartagener綜合征。Kartagener綜合征還常和其他先天性畸形同時存在，最多見的是先天性心臟病、腦積水、腭裂、雙側頸肋、肛門閉鎖、尿道下裂和復腎，其他尚有膜狀瞳孔、智力障礙、聽力減退、嗅覺缺損等。