反流自然消失與小兒的年齡和反流的程度有關。如果感染被控制，反流自然消失率Ⅱ級為63%、Ⅲ級53%、Ⅳ級33%。如靜脈尿路造影顯示輸尿管口徑正常，原發反流85%可自然消失。即使是嚴重反流的小兒，完全消失也有一定比例。反流的自然消失與反流累及的范圍也有關系，單側反流自然消失率可達65%；雙側反流，輸尿管無擴張者，自然消失率是50%，有輸尿管擴張的僅10%左右。感染及腎瘢痕并不直接影響反流的消失，但腎瘢痕多見于嚴重反流的病例，反流自行消失機會少。原發性膀胱輸尿管反流在青年和成人中的發展趨勢尚有爭論。
