1.血常規檢查
白細胞計數多在正常范圍，分類亦無明顯變化。
2.腦脊液檢查
腦膜炎、腦炎患者的腦脊液可呈非化膿性炎癥改變。壓力輕度增高，白細胞計數輕度增多，多為（100～300）×106/L，很少超過500×106/L，初期以多核細胞為主，2天后淋巴細胞占90%左右。糖和氯化物無變化，蛋白輕度增加。
3.病毒分離
用組織培養和動物接種分離病毒。如能從患兒血液、腦脊液、心包液、皰疹液及組織中分離到病毒則可作為確診依據。如從糞便及呼吸道分泌物中分離出病毒則需結合血清學檢查加以判斷，因咽部和腸道有健康帶毒者。
4.血清學檢查
特異性高的抗體為中和抗體，病后2周開始升高，3周時達高峰，可維持3～6年，故不能用于早期診斷。近年來已建立了檢測特異性IgM抗體的方法。
5.分子生物學檢查
用RT-PCR方法擴增臨床標本（如咽拭子、血液、腦脊液）中的少量病毒核酸，可達到病原學早期診斷的目的。該方法敏感性、特異性高，可快速診斷。
6.其他輔助檢查
根據臨床需要選擇X線、B超、心電圖等輔助檢查。