多囊腎的病因是基因缺失。其中成年型多囊腎常是由于16號染色體的基因缺失，個別是由于4號染色體的基因缺失，是外顯率為100%的顯性遺傳，因此單親的染色體缺失將使其子女有50%的可能性遺傳該疾病。嬰兒型多囊腎是常染色體隱性遺傳，父母雙方均有該病的基因改變才能使其子女發病，發病概率為25%。
腎囊腫衍生于腎臟的上皮結構，原發于腎小管和包氏囊，所有的腎囊腫都有某些常見的結構成分，膨脹的囊腫內含腎小球的濾液。
1.常染色體顯性遺傳型PK
95%以上的典型患者是由第16對染色體短臂上的異常基因引起，加上感染和中毒作用于小管，激發囊腫基因改變了小管細胞代謝，直接造成上皮細胞壞死，造成梗阻亦促進細胞增生致囊腫形成。
2.常染色體隱性遺傳型PK
是由DNA突變引起，但缺陷的等位基因的染色體位點尚不清楚，患兒的父母并不患病，但都攜帶這種病的基因才能使其子女發病，此病罕見。