尿石由尿液中所含的晶體與膠體沉積、集聚而成。結石形成的因素可能是綜合性的。有些與外界環境有關，有些則與患兒內在因素有關，如營養不良、維生素A缺乏、地理環境、飲食習慣、遺傳趨向、代謝改變和尿路局部改變。例如甲狀旁腺功能亢進、尿路梗阻、感染、異物等。雖然部分腎結石有明確的原因，如甲狀旁腺功能亢進、腎小管酸中毒、海綿腎、痛風、異物、長期臥床、梗阻和感染等，但大多數含鈣結石的形成原因目前仍不十分清楚。
