嬰幼兒急性腎盂腎炎常以急性感染中毒癥狀為主要表現，而缺乏泌尿系統的特殊癥狀，故在發熱性疾病的診斷過程中應警惕尿感的可能，并注意與其他系統的急性感染做鑒別。急性腎盂腎炎嚴重者可合并敗血癥，特別是在新生兒和有阻塞性腎病者，故有明顯感染中毒癥狀及血白細胞20×109/L～25×109/L的患者，應做血培養。
除尿感外，急性腎小球腎炎病程中可有暫時性尿白細胞增多，但有血尿、水腫和高血壓；急性間質性腎炎和狼瘡性腎炎亦有白細胞尿，均應結合臨床癥狀和相關檢查作鑒別診斷。
對一般抗菌治療無效應和尿細菌培養多次無細菌生長的尿感，尚應結合胸片、OT試驗、尿沉渣找抗酸桿菌、結核培養和靜脈腎盂造影等除外泌尿系結核。
蟯蟲病和無良好衛生護理的兒童，包莖、會陰炎癥亦可出現尿頻、尿急癥狀，但尿白細胞正常或只略為增多，尿培養結果不符合尿感。經驅蟲、加強外陰護理和局部處理可緩解癥狀，不必口服抗生素。