(1)胚胎型：最常見的橫紋肌肉瘤組織類型是胚胎型，由梭狀的橫紋肌母細胞、具有嗜伊紅細胞漿和縱行條紋的小圓細胞組成。好發年齡8歲以下。泌尿系橫紋肌肉瘤的80%，頭頸部的60%，其他部位的50%(不包括四肢和軀干)均屬于這種類型。梭狀細胞胚胎型主要見于睪丸旁橫紋肌肉瘤，偶見于頭頸部的淺表部位，其預后非常好。
(2)葡萄簇樣肉瘤：是胚胎型橫紋肌肉瘤的另一種類型，好原發于內臟空腔器官，如陰道、鼻咽部和膽道。息肉樣結構由以圓形和梭狀細胞為中心的黏液基質以及圍繞的小圓細胞組成，好發年齡小于4歲，預后最好。
(3)腺泡型：是第2位常見的橫紋肌肉瘤，僅次于胚胎型。最多見于四肢和軀干，由具有嗜伊紅細胞漿的大圓細胞組成。實質性的亞型具有相同的細胞結構，但缺乏腺泡狀的外形。預后均較差。
(4)多形型或成人型：多形型或成人型橫紋肌肉瘤在小兒最少見。其特點是可見大的多形性細胞和多核大細胞，以四肢和軀干最多見。
(5)肉瘤：未分化的肉瘤最多見于四肢、頭頸部，預后非常差。還有一種軟組織類型的橫紋肌肉瘤也可見于兒童，其不能用傳統的方法分類，統稱為肉瘤，類型待定。