1.痰或支氣管分泌物的培養及涂片檢得真菌
10%～20%正常人的痰液也可查得此菌，必須區別是寄生菌抑或為致病菌，白色念珠菌在侵入黏膜致病時可形成假菌絲，故痰直接涂片發現念珠菌孢子及假菌絲則有助于診斷。
2.腦脊液中檢得真菌
在有腦膜炎臨床表現的患者中，取腦脊液作涂片墨汁染色及培養可檢出新型隱球菌，在確診為隱球菌腦膜炎后，應同時檢查肺部原發病灶。
3.血培養
特別是在免疫功能低下的患兒，血培養多次獲得真菌者有助于播散型隱球菌病的診斷，一般血培養較少獲得陽性，如為陽性則提示為嚴重感染。
4.肺活檢
亦有助于確診，遇危重病例肺部有大塊融合病變者，可作肺穿刺，取肺穿刺液作培養及直接涂片，發現病原菌有確診意義。
5.1，3-β-d葡聚糖抗原（G試驗）
1，3-β-d葡聚糖為真菌細胞壁成分，可用于真菌感染的診斷，但接合菌和隱球菌除外，假陽性見于黃疸、輸注白蛋白、血液透析、應用抗腫瘤等多糖類藥物者。
6.血清半乳糖甘露聚糖（GM）抗原檢測
半乳糖甘露聚糖僅存在于曲霉菌細胞壁中，陽性提示侵襲性曲霉感染。
7.皮試和動物試驗
真菌抗原皮膚試驗血清學檢查，動物接種等可協助診斷。
8.聚合酶鏈反應（PCR）檢測
PCR檢測真菌高度保守特異性rDNA片段的敏感性比甘露糖測定及乳膠凝集試驗都高。
9.其他涂片
尿、糞便、分泌物、胸腔積液、腦脊液、膿液等的涂片、培養、組織檢查找到真菌孢子及（或）菌絲是診斷的重要依據。
10.影像學檢查
X線檢查胸片有點狀陰影，可似粟粒性結核，并有大片實變灶，少數有胸腔積液及心包積液，肺部病變主要分布在中、下野，尤以下部為多，一般不侵犯肺尖。急性血行播散性真菌病的X線檢查可見粟粒狀陰影，彌散性結節狀陰影或多發性小膿腫。必要時可作CT、B超、心電圖等檢查。